Sugiro configurar seu linux-apache para ter uma pasta vazia como raiz do documento. Então você conecta seu stick usb como de costume, e ele é montado automaticamente. Com o mount, você pode agora substituir a pasta vazia pela subpasta do seu usbstick montado:
sudo mount -o bind /media/usbstick/.../document_root /var/www
Provavelmente, você pode adicionar isso em algum lugar a alguns scripts automount, mas isso seria outra pergunta.