Você não "abre" o Wine por si só: o Wine cria entradas no menu Aplicativos do seu ambiente de área de trabalho.
Caso contrário, você pode usar um terminal para cd para ~/.wine/drive_c/
e tentar encontrar o Notepad ++ lá (provavelmente ele estará em Program Files / Notepad ++). Então você pode iniciar o aplicativo usando wine exe_name.exe
.