O NTFS não suporta os sinalizadores de permissão de arquivo que o Linux usa para verificar se um arquivo é executável. Em casos simples, você pode ignorar isso prefixando sua linha de comando com 'sh'. Como:
sh path/to/my/program
Caso contrário, recomendo recompilar seus projetos no Linux, usando as fontes no NTFS. Para C ++, ou seja, todo o código nativo, isso será necessário de qualquer maneira.