Sua pergunta é aparentemente baseada na falsa premissa de que "o Firefox exclui marcadores antigos". Esta é uma premissa falsa porque, fora da caixa, o Firefox não não , rotineiramente, faz isso. Sua pergunta deveria ter sido: "Por que meus favoritos mais antigos não estão mais acessíveis no Firefox?"
De qualquer forma, consulte este artigo da Mozilla sobre KB e veja se algo ajuda. Pode ser que o servidor de sincronização de favoritos do Firefox tenha acidentalmente perdido alguns dos seus favoritos devido à perda de dados não intencional e, em seguida, começou a sincronizar essas alterações em cada computador. É difícil dizer com certeza o que aconteceu. Mas definitivamente não é porque o Firefox está programado para excluir marcadores antigos sem nenhum motivo.
Com isso dito, algumas extensões do Firefox de terceiros podem ter permissões suficientes para fazer isso. Portanto, não posso excluir a possibilidade de existir alguma extensão que elimine os favoritos antigos. Eu não sei o que tal extensão seria chamada, no entanto.