Descobri a correção: mude o "Intel USB 3.0 Mode" de "Smart Auto" para "Disabled". Então, posso desligar o computador enquanto uso o teclado durante a inicialização quando ele é inicializado novamente.
Eu tenho o Ubuntu e o Windows 10 em dualboot (ASRock Z97 Extreme4 Motherboard), uma nova instalação com nada instalado em qualquer sistema operacional. Ao desligar de um dos sistemas operacionais, o computador é reinicializado alguns segundos após o desligamento.
No entanto, descobri que desativar o "Legacy USB 3.0 Support" corrige esse problema. No entanto, apresenta outro problema: agora não consigo usar o teclado antes de inicializar totalmente no Ubuntu. Em outras palavras, não consigo acessar o BIOS ou usar o menu GRUB. Uma vez que o Ubuntu inicialize, posso usar o teclado novamente.
Desde então, eu tenho reativado o "Legacy USB 3.0 Support" para que eu possa entrar no BIOS, mas gostaria de encontrar uma maneira de desligar o PC sem desativar o USB 3.0 ou encontrar outra maneira de o meu teclado funcionar sem isso.
Descobri a correção: mude o "Intel USB 3.0 Mode" de "Smart Auto" para "Disabled". Então, posso desligar o computador enquanto uso o teclado durante a inicialização quando ele é inicializado novamente.