Eu resolvi meu problema com o script [space] depois do último .desktop estava causando o erro, então o removi usando sed.
Isso agora funciona:
applist=$(printf "'%s', " $(cd /home/rob/.local/share/applications; ls chrome*.desktop))
applist="[$(sed -e 's/[,[:space:]]*$//' <<<${applist})]"
gsettings set org.gnome.desktop.app-folders.folder:/org/gnome/desktop/app-folders/folders/ChromeApps/ name 'Chrome Apps'
gsettings set org.gnome.desktop.app-folders.folder:/org/gnome/desktop/app-folders/folders/ChromeApps/ apps "${applist}"
Eu ainda gostaria que houvesse uma solução que pudesse fazer isso dinamicamente, por exemplo se eu configurar um subgrupo / pasta de mídia e, em seguida, instalar o VLC como um exemplo, ele será automaticamente adicionado ao grupo. O mesmo para aplicativos do Google Chrome para um grupo definido. Adicionando aplicativos manualmente em qualquer forma, seja o dconf, gsettings ou um gui como Meow é um pouco complicado.
Este tipo de script + cron é pelo menos um começo, espero que as pessoas façam uso dele.