Supondo que você está com jailbreak, você pode acessar o banco de dados do Notes em /var/mobile/Library/Notes/notes.sqlite. Nesta base de dados, as tabelas interessantes são ZNOTE e ZNOTEBODY. A tabela ZNOTE contém o título da nota (a primeira linha que você digita na nota) e o breve resumo mostrado na visualização da tabela, entre outras coisas. A tabela ZNOTEBODY contém o corpo da nota no formato HTML.
Supondo que esse banco de dados esteja corrompido, sugiro fazer o backup desse banco de dados e excluí-lo. Os aplicativos geralmente recriam seus bancos de dados se eles não existirem, mas nem sempre (por isso, minha declaração sobre como fazer um backup).
Se isso ainda não resolver seu problema, você pode tentar editar manualmente o banco de dados, localizando uma nova cópia do db (provavelmente do respectivo ipsw) ou, se tudo mais falhar, restaurando. Contanto que você faça o backup desse banco de dados, você ainda poderá ler as anotações procurando na tabela ZNOTEBODY. Cada linha é agrupada em <div>
e termina com <br>
.