A convenção para programas de terceiros é instalá-los em /usr/local , o que os disponibilizará para outros usuários (na maioria das distribuições).
Você pode, claro, usar qualquer outro diretório, como /home/myuser , mas terá que atualizar a variável de ambiente PATH . Você pode fazer isso criando /etc/profile.d/mypath.sh com o seguinte conteúdo:
PATH="/home/myuser/bin:$PATH"
Outra opção seria instalá-los em /opt usando um subdiretório para cada programa assim: /opt/foo/{bin,lib,share} , /opt/bar/{bin,lib,share} e assim por diante. Isso tem a vantagem de poder remover ou copiar rapidamente a instalação de um programa, mas tem a desvantagem de ter tudo dividido em vários lugares, então você terá que adicionar vários diretórios a PATH .
Para mais detalhes, leia o Padrão de Hierarquia do Sistema de Arquivos .