Você pode escrever um pequeno roteiro:
#
# your maximum size of /tmp in kbytes
#
maxsize=1000
#
# now get the actual size of /tmp in kbytes
#
tmpsize=$(du -ks /tmp|cut -f 1)
#
# when maximum reached, clean up
#
if [ $tmpsize -ge $maxsize ]; then
rm -r /tmp/*
fi
Isso deve ser executado como root, a fim de limpar arquivos pertencentes a outros usuários (incluindo root) também.