É impossível que as letras de unidade sejam "as mesmas" porque são atribuídas pelo Windows, não permanentemente mantidas em algum lugar no disco; simplesmente usaria E: e F: , por exemplo. Se isso não ocorrer, tente atribuir um novo usando diskmgmt.msc ou mountvol . (Não se esqueça de que os discos podem ser montados em pastas, não apenas em diskletters; por exemplo, C:\Disks\Backup .)
No entanto, como você disse, o Linux também relata erros de E / S no disco, então isso mostra que o problema não é com "letras de unidade", mas em um nível inferior.
Não faz muito sentido executar chkdsk em um volume que não pode ser montado, já que a finalidade principal de chkdsk é verificar um sistema de arquivos para consistência e qualquer sistema de arquivos que o Windows não reconhece está além da ajuda de chkdsk .