Você pode usar USB Dummy Protect
É um pequeno utilitário para proteger as unidades USB contra vírus. Copie-o para a unidade USB e execute a partir daí. Cria um arquivo dummy.file que ocupa todo o espaço livre e não há mais espaço para vírus. Para desproteger a unidade, execute este utilitário novamente ou remova manualmente o dummy.file.
Não é antivírus. Você pode executá-lo em um ambiente livre de vírus (no seu computador, por exemplo). Então, quando você coloca sua unidade USB no computador com vírus, a maioria dos vírus não pode infectar sua unidade, porque não há espaço para vírus lá. Também é útil apenas se você precisar ler arquivos da sua unidade. Se você precisar escrever algo, precisará de espaço livre na unidade USB e os vírus também poderão usar esse espaço.
Limitação conhecida: não funcionaria se houvesse mais de 4 GB de espaço livre na unidade FAT. Solução: Formate sua unidade portátil com o sistema de arquivos NTFS.