Veja as suas configurações novamente. Dependendo da versão do Thunderbird que você está usando, em Configurações de Contas, no cabeçalho Configurações do Servidor, procure novamente para ver o que é clicado e o que não é clicado. Você pode ter "Deixar mensagens no servidor", mas você também pode clicar em uma das sub-seleções "Até que eu as delete ou mova-as da minha caixa de entrada ". Se esse item for clicado e você mover os e-mails da sua caixa de entrada para qualquer outra pasta ou subpasta, na próxima vez que clicar em Obter e-mail, esses e-mails serão excluídos do servidor.