Eu já vi isso com algum tipo de malware. O malware altera o atributo file para Hidden e faz outras alterações. Verifique se seus arquivos foram alterados para Oculto.
Discussão aqui sugere uma solução, mas nunca funcionou totalmente para mim . A McAfee tem uma sugestão aqui, mas eu nunca usei esta ferramenta. O disco de recuperação do Symantec Endpoint conseguiu remover uma vez, mas todas as outras vezes foi uma recriação, já que foi mais rápido.