Meu entendimento é que o HT é um mecanismo ON ou OFF que pode ser controlado pelo BIOS do seu sistema. Independentemente do mecanismo de aceleração que você ativou para fazer o clock de sua CPU, o HT será ativado se você configurá-lo dessa maneira.
Este artigo explica o consumo de energia níveis em uma CPU habilitada para HT. Se a sua preocupação for recursos de economia de energia em relação ao desempenho, você poderá ver mais vida útil da bateria se tiver desligado o HT.
Espero que isso ajude!