Você pode experimentar qualquer número de ferramentas de diferenças gratuitas - Eu usei o KDiff3 , que é uma boa ferramenta de código aberto que está disponível em várias plataformas diferentes. Eu pude usá-lo para comparar vários arquivos de log - há uma indicação visual de quais linhas são diferentes e comuns entre esses arquivos (cores para diferenças, branco / sem cor para linhas comuns).
Você pode precisar experimentar um pouco para ajustar o aplicativo para fazer exatamente o que está procurando, mas é um bom começo.