Exatamente o que você disse. Por exemplo, uma vez eu tive (estou falando de 9.04 ou 9.10 aqui) um problema em que a partição raiz ficou toda estranha comigo. Desde que eu tinha a partição de inicialização no mesmo lugar que tudo o resto eu não conseguia inicializar e tentar consertar qualquer coisa. Depois disso eu aprendi que eu deveria ter a parte de inicialização separada do resto, pois em alguns casos extremos, se algo vai mal, ele vai ficar ruim apenas na partição específica. Eu também recomendo que não apenas a partição da inicialização seja separada das outras, mas a casa também se separe. No caso de atualização ou reinstalação, você não precisa fazer um backup para todas as suas coisas.
Também ajuda a ter a parte de inicialização em outra partição, pois se ocorrer um mau funcionamento, você sabe que tem tudo em outra partição protegido contra danos.