Minha sugestão seria Alterar Root usando ssh. Este é um novo recurso do servidor OpenSSH desde a versão 4.8p1. (pacote ubuntu: openssh-server) e, portanto, disponível nas versões mais recentes do ubuntu.
Em poucas palavras, se um determinado usuário (pelo qual você distribuiria a chave) se conecta via ssh, ele / ela será preso dentro de um diretório nomeado, fazendo o acesso a qualquer coisa que esteja fora do que é inacessível. Isso é particularmente simples de configurar se você quiser apenas acessar os arquivos e realmente não executar nenhum programa para o usuário chrooted. Veja por exemplo aqui: link
Se você puder elaborar as necessidades específicas que você tem, talvez possamos comentar mais.
Além disso, uma vez que você tenha o seu usuário ssh preso configurado, você pode querer considerar o sshfs (para o Ubuntu) e o netdrive - link (para Windows) para montar facilmente esses diretórios nas respectivas máquinas.