Acontece que meu disco é uma unidade "Advanced Format" com setores 4K. O problema é que o instalador do Ubuntu não os particionou em limites de 8 setores, o que resulta na baixa velocidade que estou vendo.
Embora ainda não tenha feito isso, a solução é reparticionar usando limites de 8 setores (destrutivo) ou tentar usar o utilitário "WD Align" que é supostamente não destrutivo.