Possibilidades são:
- Erros do sistema de arquivos Ext3
- gargalo de E / S de disco OU problemas de HDD.
A primeira coisa que você deve verificar é se o HDD IO e sua funcionalidade, desempenho. Para verificar o IO, dê uma olhada em esta questão .
iostat -x -d
(vai fazer o truque)
Se você tiver erro no sistema de arquivos, inicialize seu servidor no modo de usuário único e execute
fsck -a -f
isso resolverá o problema do seu sistema de arquivos.