Normalmente, seus arquivos devem ser 644 e diretórios 755. Localizar é a ferramenta apropriada para isso. Estes comandos (executados na base do seu conteúdo) podem fazer isso por você
find . -type d -exec chmod 755 {} \;
find . -type f -exec chmod 644 {} \;
Mesmo código ativo como o PHP não precisa do conjunto de bits executável. Dependendo da sua configuração, o bit executável pode ser usado para acionar o apache para processar seu conteúdo para inclusões do lado do servidor.
O erro 500 indica um erro no servidor. Isso pode ser resultado de problemas com páginas ativas.
Verifique o log de erros para ver quais erros estão sendo gerados. Geralmente está localizado no mesmo diretório que seu log de acesso.