O alto-falante do PC geralmente está sendo manipulado por um módulo do kernel chamado pcspkr . Para descarregar este módulo manualmente, você pode tentar
modprobe -r pcspkr
Claro, você precisa fazer isso como root (ou através do sudo).
Para tornar isso persistente, você pode adicionar a linha
blacklist pcspkr
para um arquivo em /etc/modprobe.d /
Desativar o alto-falante do PC do BIOS é provavelmente um exagero, já que esses bips do BIOS são uma fonte valiosa de informações ao depurar problemas de hardware.