O que eu tenho:
O que eu quero fazer:
Mirror folders from A to B
Eu quero que as pastas de backup sejam totalmente acessíveis, portanto, um programa de backup que comprime os arquivos não é uma opção.
Existe uma ferramenta para fazer isso no Windows?
Como alguém já lhe deu uma opção para o * nix, recomendo um para o windows, o robocopy fará o trabalho que está disponível para todas as versões do windows que eu considero um download da microsoft.
Se você quiser uma ferramenta de gui synctoy também da microsoft vai fazer isso.
Você não especificou seu sistema operacional. Em sistemas * nix, o rsync faz exatamente isso - você pode espelhar uma árvore de diretórios (ou todo o volume, que normalmente é apenas uma árvore de diretórios) para outro diretório. O programa rsync pode ser configurado para olhar apenas o tamanho, ou tamanho e soma de verificação, e depois duplica a estrutura.
Se você quiser, também poderá usar o rsync no Windows instalando o cygwin: link