Faça bons backups, incluindo talvez uma imagem de disco rígido, antes de tentar meus conselhos abaixo.
Primeiro, tente fazer o download do patch de Atualização de segurança da Microsoft .NET Framework 4 e aplique-o desta forma.
Se isso não funcionar, você pode tentar reparar o .NET 4.0 no Painel de Controle / Programas e Recursos : Clique com o botão direito e escolha a opção Reparar.
Se isso ainda não funcionar, você pode tentar desinstalar o .NET 4.0.
Se a desinstalação não funcionar, use a Ferramenta de limpeza do .NET Framework . Leia o artigo vinculado com muito cuidado antes de usar essa ferramenta.