Você está definindo a taxa de bits de vídeo para 200 bytes / seg. Isso é incrivelmente baixo. Altere o comando para algo como:
ffmpeg -i input.avi -y -ab 56 -ar 44100 -b 200k -r 15 -f flv output.flv
Você pode variar a taxa de bits (especificada pela opção -b) para aumentar ou diminuir a qualidade. Uma taxa de bits mais alta significa melhor qualidade.