O Apache é executado como um único usuário para todos os sites, então se você deu acesso para escrever para / home / user1 / www, o usuário2 também seria capaz de escrever scripts PHP que podem gravar em / home / user1 / www. Você precisa executar o PHP fora dos métodos normais para separar os usuários.
Há uma boa descrição aqui sobre os méritos dos vários métodos:
Eu gosto de fastcgi, mas se você não precisa de performance, o suPHP é provavelmente o que você quer.
Outra novidade interessante não mencionada são os containers LXC, que realmente não eram utilizáveis em 10.04, mas desde então amadureceram um pouco. Isso permite que você crie o que se parece com outro servidor dentro do seu VPS, mas não é virtualizado ... apenas está contido em seu próprio espaço de processo.