Você pode ter seu diretório home como somente leitura,
um outro diretório como leitura-gravação, algo como ~./VirtualBoxWriteable
.
Mas se você for usar sua máquina virtual com cuidado, como se ela fosse o SO principal, com antivírus, etc, não deveria haver problema em compartilhar o diretório home inteiro como leitura-gravação.