Eu sugeriria:
- Abrindo duas janelas
- Criando as pastas de destino em outro lugar (não onde estão todas as fotos)
- Mover as pastas de volta quando todas as fotos forem classificadas.
Dessa forma, a criação de pastas, etc., não fará com que o Explorer reclassifique sua lista de imagens toda vez que o conteúdo do diretório for alterado.
Alterar a ordem de classificação no Explorer também pode ajudar.