Esta pergunta foi feita no SuperUser e tem muitas boas respostas:
A resposta principal é:
Salve esta linha de texto como arquivo invisible.vbs
:
CreateObject("Wscript.Shell").Run """" & WScript.Arguments(0) & """", 0, False
Para executar qualquer programa ou arquivo em lote de forma invisível, use-o da seguinte forma:
wscript.exe "C:\Wherever\invisible.vbs" "C:\Some Other Place\MyBatchFile.bat"