A primeira coisa que vem à mente é um erro no sistema de arquivos. Tente executar o chkdsk para ver se ele encontra algo errado.
chkdsk /F C:
Você deve receber esta mensagem:
Chkdsk cannot run because the volume is in use by another
process. Would you like to schedule this volume to be
checked the next time the system restarts? (Y/N)
Ele será executado na próxima vez que você reiniciar o computador e corrigir quaisquer erros no sistema de arquivos.
Nota: Se o seu disco rígido principal não for C:
, altere-o de acordo.