Se você estiver usando Hosts Virtuais, pode ser que tenha optado por ter os registros armazenados como um nome diferente. Geralmente, a convenção é manter todos os logs na mesma pasta (ou copiá-los para uma pasta específica do usuário) e nomeá-los como sitename.com.error.log.
Verifique sua configuração de hosts virtuais do Apache e tente localizar onde eles estão armazenados. Se você ainda estiver preso, poderá usar o Process Monitor para determinar quais arquivos estão sendo acessados enquanto o servidor está em execução: link