Bem, é POSSÍVEL .. Mas, tipo, "ficção científica possível" .. Para fazer isso, você precisaria conhecer todos os requisitos de espaço para todos os seus arquivos antes de armazená-los. Que eu estou supondo que você não vai saber. Então, basicamente, não, você não vai fazer isso no mundo real.
O melhor truque que posso sugerir é pegar alguns bons discos rígidos e usar partições para separar as coisas. Dessa forma, você pode inserir alguns arquivos armazenados horrivelmente fragmentados, mas você poderia manter seus arquivos OS relativamente contíguos .. Claro, você pode simplesmente executar a desfragmentação para ajudar a lidar com isso. Além disso, não tenho certeza se a fragmentação do sistema de arquivos causa algum impacto nos SSDs, alguém sabe disso?
Como alternativa, você pode usar um sistema de arquivos como o ext3 que não exponha problemas de fragmentação aos usuários. Nem precisa realizar tarefas domésticas por conta própria e, portanto, você basicamente nunca tem problemas de fragmentação.