Não, você precisa recodificá-lo.
A maioria dos codecs de vídeo funciona com os chamados macroblocks de pixels, portanto eles estão vinculados a um tamanho de pixel muito específico. Se você tivesse alguma maneira de alterar facilmente o tamanho do pixel, todas as operações matemáticas feitas durante a codificação seriam inúteis.
Essas operações matemáticas, por exemplo, incluem a distância entre certos macroblocos - e como isso é medido em pixels, você não pode simplesmente alterar as dimensões do pixel como essa.