Para executar aplicativos em paralelo em um cluster, eles precisam ser especificamente ativados para isso. Um aplicativo que é capaz de rodar em uma arquitetura multi-core também não é necessário capaz de usar múltiplos núcleos espalhados por um cluster. Isso é "Compartilhamento / memória compartilhada" (multicore) versus distinções "memória distribuída / passagem de mensagem" (cluster) no mundo da programação paralela.
Se você estiver usando o Linux, há muito software livre para ajudar a habilitar a computação em cluster. Comece pelo link para algumas dicas. Se um aplicativo disser que foi construído com MPI, estará pronto para entrar em um cluster. Outras ferramentas que dizem que suportam computação distribuída (por exemplo, gmake -p) também devem funcionar com um pouco de configuração.
Se você é um usuário do Windows, o Windows HPC Server 2008 R2 é o caminho a percorrer, pois ele terá a pilha de software que você precisa para começar a explorar - mas não é grátis!
Se você estiver interessado em aprender sobre a computação em cluster, criar a sua própria é um ótimo caminho a ser seguido, e lhe dará algumas balas no seu currículo que pareçam boas para os empregadores. Se você está apenas procurando juntar rapidamente algo para obter mais desempenho de um conjunto existente de aplicativos, provavelmente ficará desapontado e frustrado.
Boa sorte!