Separar seus dados da partição do sistema operacional é uma boa ideia. Você está certo de que a maioria dos vírus tem como alvo o sistema operacional, mas isso não significa que os vírus não serão detectados em sua partição de dados. Afinal, os vírus provavelmente serão primeiro copiados para a sua pasta de Downloads.
Suponho que isso também poderia simplificar o acesso aos dados caso você decida usar dual-boot. Também separar seus dados em uma partição virtual permitirá que você os copie para uma partição física mais tarde, se precisar de ganhos de desempenho.