Não há problema em remover ubuntu-desktop
package se você quiser remover Unity e Unity-2D. Porque ubuntu-desktop
é um pacote meta e usado para puxar os pacotes padrão em uma instalação do Ubuntu Desktop. Como você está removendo uma dependência do pacote Ubuntu-Desktop, ele também será removido.
Mas você não precisa se preocupar. Você não perderá nada removendo-o. Você pode dar uma olhada nesta questão.
Para a consulta específica:
Como posso remover o Unity-2D sem remover o Ubuntu-Desktop?
Você simplesmente não pode. Não é possível remover o pacote Ubuntu-Desktop com o Unity-2D sem agradar um sistema de pacotes com defeito.