O seu disco de inicialização tem alguma das marcas de um disco de backup do Time Machine? Faça um ls -l /
e procure por: "Backups.backupdb", arquivos começando com ".blockFVBackupVolumeUnmount", ou arquivos nomeados apenas com um "." seguido por 12 dígitos hexadecimais (isto é, um endereço de hardware de rede). Não sei exatamente como a TM identifica seus discos de backup, mas se um deles foi criado em seu volume de inicialização (ou copiado do disco de backup real), isso pode explicar por que a TM fica confusa.