Pergunta extra antiga. BTW, eu estava procurando por isso e encontrei @romka resposta interessante. Fiz alguns testes e criei uma ferramenta simples (script CMD + tarefa de logon) para definir automaticamente a instância atual do Windows como padrão. Eu compartilho o repositório
Elaborando resposta @romka, o comando completo usado na inicialização para definir o Windows atual como o sistema padrão na inicialização é
bcdedit /default {current}
Eu executo este comando através do Agendador de Tarefas, em vez de adicionar um link na inicialização do programa, pois ele dá mais controle sobre a tarefa, mais importante quando executá-lo (inicialização vs. logon) e o nível de privilégio a ser usado (precisa ter direitos de administrador).