Esse problema é típico e acontece comigo de vez em quando. Como Edgar disse, é apenas um problema de camada. Seu arquivo está bem, tudo que você precisa fazer é clicar com o botão direito na camada e selecionar commit. Você deve poder apagar normalmente nessa camada. Espero que isso ajude muitas pessoas, eu apenas tentei há alguns minutos atrás e consegui apagar uma sombra em que estava trabalhando. Boa sorte!