Para mim (usando o Windows XP) esse problema parece ocorrer ao usar o recurso de impressão "Send to Onenote 2010" para imprimir em um notebook que ainda usa o formato Onenote 2007. Ao imprimir em um novo bloco de anotações (ou seja, usando o formato Onenote 2010), tudo fica bem claro.
(No entanto, ao tentar copiar a impressão para o 2007 notebook, a qualidade também é reduzida. O que significa que provavelmente terei que converter minhas pastas de trabalho para o novo formato ...)