Eu não acho que deveria haver, exceto, é claro, a questão do espaço em disco.
A pergunta resume tudo - devo esperar algum problema em ter um disco rígido USB externo com 2 ou mais partições e usar uma dessas partições como meu backup do Mac Time Machine (formatado como HFS +, é claro)
O único problema que tenho visto é se você precisa inicializar a partir dele. Eu armazenei uma cópia inicializável e os backups do TM no mesmo disco externo, o que funcionou bem até que meu HD interno foi acionado e eu preciso inicializar a partir do disco rígido externo. O desempenho do TM tornou-se doloroso e tive que desativá-lo.
Ideal para ter um HD externo para cada finalidade, se você puder pagar.
Não deve haver nenhum problema. Na verdade, sempre particionei minhas unidades do Time Machine para manter o tamanho do backup do Time Machine sob controle, ou usar o mesmo disco com vários Macs.
Há um problema conhecido no OS X Mountain Lion 10.8-10.8.3 ( rdar://12184052 ) em relação ao feedback do Finder durante a ejeção de um volume do Time Machine em um disco rígido criptografado e particionado: ao ejetar o volume Ao clicar no ícone de ejeção na barra lateral do Finder, levará até um minuto até que o volume seja desmontado, embora o ícone do volume possa desaparecer da barra lateral muito mais cedo. Durante esse período, você verá no Activity Monitor que um processo denominado UASysAgent consome 100% da CPU. Quando esse processo desaparece, é seguro desconectar o volume da minha experiência.
Como nunca usei uma unidade Time Machine não particionada, não sei se esse problema é específico ao particionamento da unidade, mas duvido muito dela.