A maneira mais fácil é definir o endereço de resposta no email que o seu helpdesk envia para algo que apenas exclui tudo o que recebe (ou, de qualquer forma, não envia uma resposta automática).
Então
Bob sends a mail to [email protected]
Helpdesk replies to [email protected] with ticket nr
Bob's auto responder replies to thank for the mail that it received
(to [email protected])
O fim.
(É por isso que essas coisas geralmente têm uma mensagem dizendo "não responda a este e-mail".)