Para mim, parece que a ferramenta que você está usando no Windows está quebrada. Um tarball é um tarball e o SO em que você o faz não deve importar.
Eu recomendo usar o p7zip, no windows.
Se você está mais preocupado em apenas mover os arquivos, o winscp é uma boa interface gráfica sobre scp. Se a sua caixa linux está rodando o sshd, você pode simplesmente transferi-los pela rede.