Existe um tutorial em vídeo sobre como fazer isso aqui para uma versão um pouco mais antiga do VLC, mas é ainda é útil.
Algumas alterações do tutorial em vídeo:
Stream and save foi renomeado para Convert / Save (que pode ser encontrado no menu Media)
O VLC criou perfis pré-criados para codificação de áudio e vídeo. você pode escolher um desses ou criar o seu próprio.
Para incluir as legendas, você terá que descobrir qual "faixa de legenda" está associada a um idioma de legenda específico na tela de conversão / gravação de DVD. Você pode fazer isso com tentativa e erro com a reprodução normal e, em seguida, escolher converter / salvar quando encontrar as opções que deseja usar. A faixa de legendas padrão é -1, o que parece indicar que não há legendas.
Certifique-se de marcar a caixa de seleção "No DVD Menus". Você pode começar de um determinado título e faixa, embora eu recomendaria deixá-lo processar até o final e, em seguida, cortar a cena desejada com algo como VirtualDub ou Windows Movie Maker. Alguns codecs requerem alguma atenção pós-processamento que parece não funcionar corretamente se você interromper o processo do VLC prematuramente.