Os aplicativos do Mac OS X usam caminhos relativos para encontrar outros arquivos em seu pacote de aplicativos. Eu não consegui reproduzir o seu problema, mas o Firefox iniciado via symlink não tinha um ícone do Dock ou barra de menu para mim. Outras aplicações imprimiram o seguinte erro:
2011-03-05 15:20:03.083 appname[25356:903] No Info.plist file in application bundle or no NSPrincipalClass in the Info.plist file, exiting
A maneira correta de conseguir o que você deseja é criar um script que chame o executável, ou melhor (se você não tiver várias versões diferentes do Firefox em execução por qualquer motivo), use o Launch Services:
#!/usr/bin/env bash
open -a Firefox
Isso inicia a instância do Firefox registrada no Launch Services. A vantagem é que você pode mover o pacote de aplicativos e ainda funcionará, ou o pessoal do Firefox poderia renomear o binário e ele continuaria a funcionar de qualquer maneira.