O Samba é o subsistema Linux que lida com o Windows Networking (SMB / CIFS). O SFTP é a versão SSH do FTP.
O Nautilus é montado via GVFS. As permissões que você teria no sistema de arquivos remoto dependerão de como o sistema remoto está configurado e de qual usuário remoto você usa para se autenticar no sistema remoto.
A menos que seu sistema local e o servidor remoto obtenham seus usuários e membros de grupos de algum serviço de diretório centralizado (LDAP ou semelhante), as permissões obtidas na conexão remota provavelmente serão diferentes das permissões que você tem no sistema local .
Além disso, o subsistema Samba pode fornecer outro conjunto de permissões e não está necessariamente configurado para sincronizá-las com o usuário do sistema. Por outro lado, as permissões de SFTP obtidas serão as do usuário remoto que você está autenticando ao fazer login no servidor remoto.