Parece-me (a partir da sua menção do NetMeter ou TaskbarShuffle) que você pode ter muitos add-ons, barras de ferramentas ou outras pequenas bugigangas instaladas que estão jogando o tango para o seu CPU após uma inicialização. Use algo como SysInternals Autoruns para identificar o que está acontecendo ao iniciar e desabilite seletivamente até que as coisas voltem normal.
Isso também pode ser um software AV no trabalho. Já vi versões recentes do AVG, por exemplo, consumindo 100% de CPU por cerca de 5 minutos após uma inicialização a frio. E falando em AV, você definitivamente não deveria descontar um vírus.
E sim, isso é realmente mais apropriado para SU.