Até onde eu sei, você não pode corrigir permissões na sua pasta pessoal com o utilitário de disco. Só pode fixar permissões para arquivos instalados pelo sistema. Para corrigir as permissões dentro da pasta de início do usuário, você deve inicializar com o disco de instalação e usar o utilitário de redefinição de senha. Há a opção de não redefinir a senha, mas de corrigir permissões para determinado usuário. E a duração da verificação de permissões e do reparo realmente dependem de quantos arquivos você tem, por isso é difícil descobrir se ele está congelado no seu caso ou não.