Na verdade, para pular o cabeçalho no Unix / Linux, você precisaria do comando 'tail'.
Você pode dizer ao comando 'tail' para pular a primeira linha (o cabeçalho) fazendo o seguinte:
tail -n+2 filename
Isso vai dizer a cauda para começar a ler a partir da linha 2.
Para fazer isso em todos os arquivos .csv em seu diretório atual e anexá-los juntos, coloque o seguinte em um script:
#!/bin/bash
for file in *.csv
do
tail -n+2 $file
done
Você pode então executar este script como ./script.sh>output e a saída estará no arquivo chamado 'output'.
Infelizmente, não sei se algo como o tail está disponível em qualquer capacidade no Windows sem portas.