Sua pergunta é semi-relacionada a Ctrl + Super + esquerda / direita não funciona no Ubuntu16.04 de dois dias atrás. Sua pergunta é: Esses atalhos foram removidos? A resposta é não, eles não eram. Estou usando o Ubuntu com o Unity 16.04 e esses atalhos funcionam perfeitamente bem.
Então o que exatamente está acontecendo? Como mencionei na resposta para o mesmo post vinculado acima, o seu plugin Grid (que foi usado de caminho de volta no tempo provavelmente foi desativado, e você precisa verificar isso no Gerenciador de Configurações do CompizConfig.
Não há nenhuma razão exata que eu saiba para os plugins serem desabilitados aleatoriamente, mas isso acontece e algumas vezes muita coisa fica desativada . Isso depende dos desenvolvedores do Unity e do Compiz, no entanto.