O MOV é um contêiner de vídeo (como o AVI), mas não diz muito sobre o que está nele. É como dizer: "Eu realmente gosto daquelas coisas que eu comi daquela caixa de papel branca na geladeira" - provavelmente não é um hambúrguer, mas quem sabe?
De seu site, parece que a Canon 5D Mark II codifica seu vídeo como H.264 no arquivo MOV. O H.264 é um formato de entrega altamente compactado, não um formato de edição. O conteúdo de qualquer quadro geralmente depende dos quadros que vieram antes ou depois; é por isso que é mais lento.
Você não pode perder qualidade convertendo para a compressão sem perdas - a imagem já está compactada, mas não ficará pior. O arquivo acaba sendo muito maior (embora não tão grande quanto o descompactado), mas com CPUs e drives modernos, você pode reproduzir HD em tempo real sem gaguejar. (O trade-off é: se houver pouca ou nenhuma compactação, a quantidade de dados é enorme e pode não sair da unidade com rapidez suficiente; mas, se estiver muito compactada, a CPU pode não conseguir decodificar rápido o suficiente.) fazendo 30 segundos.
Antigamente, eu sugeriria o Huffyuv no Windows, mas hoje em dia tente Lagarith .
Uma vez que você terminar de editar, se você quiser compartilhá-lo, você vai querer codificá-lo em um formato de entrega como o H.264. Além de o arquivo ser menor, é mais provável que as pessoas já o instalem em seu sistema.